Penyelenggaraan Program studi Magister Adminsitrasi Publik (MAP) Universitas Cenderawasih mulai pada tanggal 23 April 2012 berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 134/E/O/2012. Struktur organisasi PMAP dikembangkan dengan berpedoman pada OTK (Ogranisasi Tata Kerja) Universitas Cenderawasih, sebagaimana Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 11 tahun 2011, tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Cenderawasih dan Keputusan Rektor Universitas Cenderawasih Nomor 018/H20/KL/2010 tentang Pendirian Program Pascasarjana Universitas Cenderawasih.
Realitas perubahan pandangan dunia yang sedang mengemuka dewasa ini, berkoherensi dengan perubahan paradigma (paradigm shift) tata hubungan negara, institusi pemerintahan, partai politik, bisnis, swasta, dan masyarakat sipil. Tata hubungan yang dimaksud memerlukan rekonstruksi fungsi dan peran masing-masing dalam konteks kehidupan berbangsa. Pada konteks itulah, matra disiplin Administrasi Publik ditampilkan untuk mengambil peran penting agar berkontribusi dalam merespon timbulnya kompleksitas permasalahan publik.
Di lain pihak, kenyataan tersebut telah mendorong pula perubahan cara pandang terhadap kedudukan dan filosofi administrasi publik. Kini, administrasi publik sebagai constructivist (ide), science (value), dan practice (fact), telah berkembang pesat dan menjadi arena kajian menarik untuk dikaji dan diuji secara empirik oleh akademisi maupun praktisi. Apalagi jika dikaitkan dengan kehendak merekonstruksi sistem kinerja pemerintahan, bisnis, civil society yang transparan, akuntabel, efisien dan efektif. Kebijakan publik, karena itu tampil dengan tema-tema pokok yang mengedepankan paradigma kontekstualnya yang bergerak linier searah dengan Reinventing government dan good governance.
Pada konteks itu, dibutuhkan aktor administrasi publik dengan kadar intelektualitas yang mumpuni, memiliki kemampuan analisis kebijakan dan mampu mengkaji masalah publik secara holistik. Maka, dalam rangka ikut terlibat secara aktif me-ngembangkan ilmu administrasi publik sekaligus menjawab problematika pembangunan dalam lingkungan yang dinamis, Program Pascasarjana Universitas Cenderawasih berinisiatif membuka Program Magister Administrasi Publik secara mandiri.